Fondée en 1513, la confrérie de la Misericórdia de Braga avait l'autorisation de D. Diogo de Sousa, archevêque de la ville, de s'installer dans l'une des chapelles du cloître de la cathédrale, alors désignée chapelle de Jésus du Miséricorde. Cependant, au milieu du siècle, l'espace disponible pour la confrérie est devenu petit, donc en 1558 les frères ont décidé de construire un nouveau temple, situé à côté de la cathédrale. La conception de ce temple est attribuée à l'architecte Manuel Luís, maître de Porto auteur de la chapelle principale de Misericórdia do Porto (RUÃO, Carlos, 1996, pp. 202-205).
R. Dom Diogo de Sousa 124, 4700-424
Braga